В 2003 году на факультете Компьютерных наук и телекоммуникаций БелГУ была образована кафедра информатики и программирования. Заведующим кафедрой был назначен доцент, кандидат технических наук Тубольцев Михаил Федеорович. С 2003 года кафедра стала выпускающей по специальности: 010503.65 «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем».
В 2004 году кафедра информатики и программирования была переименована и получила название «кафедра математического и программного обеспечения информационных систем».
С 2006 по июнь 2011 года заведующим кафедрой являлся профессор, доктор физико-математических наук Хачатрян Владимир Ервандович.
В 2007 году состоялся первый выпуск бакалавров по направлению подготовки: 010300.62 «Математика.Компьютерные науки», а в 2008 году - первый выпуск магистров и специалистов.
С 2009 года на кафедре началось бурное развитие направлений подготовки, связанных с высокопроизводительными вычислениями и суперкомпьютерными технологиями. В 2010 году был куплен кластер на базе графических ускорителей NVIDIA Tesla C2070. В 2011 был приобретен суперкомпьютер на базе 8-ядерных процессоров Intel Sandy Bridge и графических ускорителей NVIDIA Tesla M2090.
С 2010 по 2012 года преподаватели кафедры проходили курсы повышения квалификации в области параллельного программирования в Московском государственном университете имени М. В. Ломоносова, Нижегородском государственном университете имени Н. И. Лобачевского, Томском государственном университете. В 2011 году сотрудники кафедры МиПОИС стали победителями двух этапов всероссийского конкурса «Эффективное использование GPU-ускорителей при решении больших задач», проводимого компанией «Т-Платформы» при поддержке МГУ имени М.В.Ломоносова. В 2012 году преподаватели проходили стажировку в Германии, в Суперкомпьютерном центре имени Гаусса (суперкомпьютерный центр города Юлих).
В сентябре 2011 года заведующим кафедрой был назначен доцент, кандидат технических наук Муромцев Виктор Владимирович.
С 2011 года кафедра готовит бакалавров по направлениям подготовки 02.03.02 «Фундаментальная информатика и информационные технологии», профиль подготовки - супервычисления, и 02.03.03 «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем», профиль подготовки - «Параллельное программирование»; и магистров: 02.04.01-«Математика и компьютерные науки». Магистерская программа: «Математическое и программное обеспечение вычислительных систем».
Кроме того, кафедра стала выпускающей для аспирантов, обучающихся по специальности 05.13.18 «Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ в научных исследованиях».
В 2012 году запущен в эксплуатацию суперкомпьютер «Нежеголь».
В настоящее время на кафедре работают 2 доктора технических наук и 10 кандидатов технических наук. Преподаватели кафедры за время работы на факультете защитили четыре кандидатские диссертации и одну докторскую диссертацию.